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L’histoire de Charlie Hebdo trouve principalement ses racines dans celle d’un autre journal, Hara-Kiri. S’étant connus en collaborant au journal Zéro destiné à donner leur première chance aux jeunes talents, Georges Bernier alias le Professeur Choron, et François Cavanna lancent en 1960 le mensuel Hara-Kiri, « journal bête et méchant ». Choron (dont le pseudonyme dérive du nom de la rue du 9^e arrondissement de Paris où était installé le siège du journal) est le directeur de publication. Cavanna, rédacteur en chef, rassemble progressivement une équipe qui comprend Francis Blanche, Topor, Fred, Reiser, Wolinski, Gébé, Cabu. Interdit de publication dès 1961, il reparaît pour être de nouveau interdit en 1966. L’interdiction est levée six mois plus tard. Lorsqu’il reparaît, certains collaborateurs ne reviennent pas, tels Gébé, Cabu, Topor, Fred. On remarque les nouveaux : Delfeil de Ton, Fournier, qui signe alors Jean Nayrien Nafoutre de Sayquonlat etWillem.

En 1969, Cavanna, Choron et Delfeil de Ton lancent le mensuel Charlie4. Ce journal de bande dessinées, publié comme Hara-Kiri par les éditions du Square gérées par Choron, est initialement la version française du mensuel italien Linus. Charlie publie des séries américaines classiques, mais aussi des BD contemporaines, à la fois françaises, italiennes et américaines : comme son homologue italien, il tire son titre du nom de l’un des personnages des Peanuts (en l’occurrence Charlie Brown). Delfeil de Ton est pendant un an le rédacteur en chef de ce Charlie Mensuel et y publie, les introduisant ainsi aux adultes en France, les Peanuts deCharles M. Schulz (que le magazine Spirou avait déjà présentés en mini-récit à ses lecteurs, mais ceux-ci étaient des enfants).

Le journal connaît des polémiques par rapport à sa ligne éditoriale et son fonctionnement interne :

• Philippe Val décidait seul du dessin sélectionné pour être publié en Une. Alors qu’avant 1981 la décision était prise à l’unanimité.
• Philippe Val, membre fondateur d’Attac, fut rayé de la liste des membres fondateurs d’Attac, à sa demande. Il se trouve toutefois qu’il n’avait jamais payé sa cotisation84. Le journal PLPL est critique envers Philippe Val, ce qui lui pose quelques problèmes. Philippe Val est en effet plus proche de la gauche parlementaire que de l’extrême-gauche. Sa position est bien éloignée des positions éternellement ambiguës de Choron. On lui reproche également sa stigmatisation fréquente de l’altermondialisme.
• Certains anciens collaborateurs de Charlie Hebdo comme Olivier Cyran ont participé et participent encore au journal CQFD. Libération a décrit CQFD comme le journal des déçus de Charlie Hebdo, qui a démenti… mais interdit à cinq de ses dessinateurs de collaborer à CQFD85. Cela dit, Charlie Hebdo n’est pas une chapelle, Wolinski en restait membre même quand il travaillait de front à L’Humanité (sa collaboration à Paris Match fut d’ailleurs presque autant contestée). De même, Charb publie régulièrement dans l’Humanité et Fluide glacial, et Cabu dans le Canard enchaîné.
• Bien qu’indépendant de toute forme de publicité, Charlie Hebdo a tout de même conclu un accord avec le journal Libération et affiche chaque semaine dans ses pages une publicité (la seule) présentant la Une de ce journal.
• Philippe Val est particulièrement virulent envers Internet et a longtemps refusé que Charlie Hebdo s’en serve pour communiquer, par le biais d’un site web par exemple. Il a fait fermer le site d’un particulier qui faisait un résumé hebdomadaire des éditions de Charlie Hebdo. En revanche, le fait qu’il ne mette plus systématiquement son courriel en signature comme il le faisait il y a quelques années peut être vu comme une mesure de protection de sa tranquillité : sans doute pour éviter les spams et insultes faciles. Le 10 septembre 2008, cependant, Charlie Hebdo annonce en page 3 le lancement de son site Internet.
• La direction de Charlie Hebdo par Philippe Val s’achève courant mai 2009, lorsque ce dernier décide de rejoindre Jean-Luc Hees, le nouveau président de Radio France. Cette information a été divulguée par l’hebdomadaire, sans toutefois donner de détails sur le poste qu’occupera Philippe Val à Radio France.
• Charb, dessinateur et chroniqueur au sein de l’hebdomadaire, lui succède à la direction de la publication et le dessinateur Riss aux fonctions de directeur de la rédaction, avec pour adjointe la journaliste Sylvie Coma. Bernard Maris quitte ses responsabilités à la direction de la rédaction, mais il prend à sa charge l’éditorial. Enfin, Gérard Biard demeure rédacteur en chef du journal.
• Confronté à une diminution des ventes, le journal fait appel, début avril 2010, à un prestataire de service afin d’optimiser sa diffusion et limiter les retours. Le 9 juin, le prix de l’hebdomadaire, qui n’avait pas augmenté depuis 9 ans, passe à 2,50 euros au lieu de 2 euros. Selon le directeur de la publication Charb, cette augmentation de 25 % est liée à l’augmentation des charges qui pèsent sur le journal (papier, impression, électricité, etc.). Le même réaffirme auprès des lecteurs la volonté d’indépendance de la rédaction de Charlie Hebdo : « En pleine crise de la presse (en pleine crise tout court), nous n’avons pas et nous ne voulons pas d’industriels fortunés comme actionnaires. Pas plus que nous ne voulons dépendre de la publicité. Nous ne touchons donc pas les aides de l’État dont bénéficient les journaux dits « à faibles ressources publicitaires », puisque, de publicité, nous n’en avons pas. L’indépendance, l’indépendance totale, a un prix. La presse gratuite coûte des millions de compromis éditoriaux, la presse libre coûte, elle, 2,50 euros. Et son existence ne repose que sur vous. »