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Le cycle du virus dans la nature est encore mal connu. On sait qu’il affecte certains grands singes et les chauve-souris. L’hypothèse est la suivante :

• Les chauves-souris sont porteuses saines.
• Les chauves-souris contaminent les singes.
• Les humains chassent en forêt, et se font contaminer, (par exemple en « mangeant de la viande de brousse contaminée », ou en rencontrant les singes, ou encore en mangeant des chauve-souris comme l’Hypsignathus monstrosus.

Les deux premières épidémies recensées par l’OMS ont eu lieu en 1976, au Soudan (151 morts pour 284 cas) et au Zaïre (280 décès pour 318 cas). Un cas mortel est identifié au Zaïre en 1977. De nouvelles contaminations surviennent au Soudan en 1979 : 22 décès pour 34 cas. En 1989, une épidémie touche les singes d’une animalerie de Reston, États-Unis. Elle ne fait aucune victime humaine. Le même type d’épidémie est observé en 1992 en Italie, et en 1996 aux États-Unis.

D’autres contaminations humaines massives surviennent dans les années 1990, en 1994 au Gabon (31 décès pour 52 cas) et en Côte d’Ivoire (un cas, non mortel), en 1995 au Zaïre (254 décès pour 315 cas), en 1996 au Gabon (deux épidémies successives, faisant respectivement 21 décès pour 31 cas, de janvier à avril, et 45 décès pour 60 cas, de juillet à décembre). Une infirmière ayant soigné des malades atteints au Gabon meurt d’Ebola en Afrique du Sud, la même année.

En 2000, Ebola touche pour la première fois l’Ouganda (224 décès pour 425 cas) ; elle y revient en 2007 dans la région dulac Albert (37 morts pour 149 cas, soit un taux de mortalité inhabituellement bas de 25 %, peut-être en raison d’une souche moins virulente), 2011 (1 cas mortel, à 35 km de la capitale), 2012 (dans le district de Kibale, dans l’ouest du pays : 17 morts pour 24 cas) et 2013 (4 morts pour 7 cas). Une épidémie touche de nouveau le Gabon en 2001-2002 (53 décès pour 65 cas), ainsi que la République du Congo voisine (44 décès pour 59 cas en 2001-2002, 128 décès pour 143 cas de janvier à avril 2003, 29 décès pour 35 cas en novembre-décembre 2003, 10 décès pour 12 cas en 2005). La République démocratique du Congo est également touchée en 2007 (187 morts pour 264 cas), 2008 (dans le Kasaï-Occidental, 14 décès pour 32 cas) et 2012 (dans la Province orientale, 29 décès pour 54 cas).

En février 2014, le virus de souche Ebola-Zaïre4, la plus virulente, sort pour la première fois de sa zone habituelle de contamination et atteint l’Afrique de l’Ouest5. D’abord localisée dans le sud de la Guinée, notamment dans les préfectures de Gueckédou6, Macenta et Kissidougou, l’épidémie se propage rapidement au reste du pays, faisant 101 morts en deux mois. Le Liberia voisin est à son tour touché et enregistre 10 décès, alors que plusieurs cas suspects sont détectés au Sierra Leone et au Mali5. L’OMS déclare alors que cette épidémie est « l’un des plus grands défis auquel elle a été confronté »