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Il est président de l’Autorité des marchés financiers de 2008 à 2012. Il occupe ensuite les fonctions de directeur général de la Caisse des dépôts et consignations et de président de la banque publique d’investissement (BPI) entre 2012 et 2014.

À la fin de cette échéance, il est choisi par le président de la République Nicolas Sarkozy pour prendre la tête de l’Autorité des marchés financiers (AMF). Il est nommé par décret du 12 décembre 2008 pour remplacer Michel Prada (en). Dans le cadre de ses fonctions, il travaille à l’adoption de la loi du 22 octobre 2010 sur la régulation bancaire et financière qui lui confère, ainsi qu’à l’institution qu’il préside, de nouvelles prérogatives et missions. Plusieurs réformes au sein de l’autorité sont mises en application au niveau des sanctions: publicité des sanctions, relèvement du plafond des amendes, mise en place du principe de transaction, droit du collège à faire appel des décisions de la commission des sanctions et au niveau de la défense: davantage de place laissée au contradictoire. Dans la foulée, il demande au législateur l’augmentation des ressources de l’AMF afin qu’elle puisse assurer les nouvelles missions qui lui sont conférées par la loi de régulation bancaire et financière et qu’elle puisse s’adapter aux nouvelles technologies utilisées sur les marchés financiers. Au contraire de son prédecesseur plus technicien, il donne à son mandat une dimension très politique.

Le 19 juillet 2012, il est nommé directeur général de la Caisse des dépôts et consignations, après avoir obtenu les 3/5^es des voix de la Commission des Finances de l’Assemblée nationale et du Sénat le 10 juillet et président de la Banque publique d’investissement (BPI) le 17 octobre suivant.

Le 9 avril 2014, sa future nomination par François Hollande, comme secrétaire général de la présidence de la République en remplacement de Pierre-René Lemas est annoncée. Elle est rendue effective par l’arrêté du 16 avril
Le 18 mai 2007, il devient secrétaire d’État chargé des affaires européennes auprès du ministre des Affaires étrangères et européennes, Bernard Kouchner, dans le gouvernement de François Fillon. Il a pour mission la préparation et le bon déroulement des négociations de la présidence française du Conseil de l’Union européenne, au deuxième semestre 2008