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Né à Châtellerault, il vit ses trois premières années à Montreuil. Sa famille s’installe à Drancy en 1970. Son père est informaticien et sa mère secrétaire.
Il milite dès 1987 pour la campagne de Raymond Barre, et en 1989 il est élu conseiller municipal de Drancy sur la liste d’union RPR/UDF. En 1990, il adhère au Centre des démocrates sociaux. La même année, il devient président des Jeunes démocrates sociaux (JDS) de la Seine-Saint-Denis pour lesquels il va s’investir à fond, jusqu’à délaisser ses études d’histoire. Il rencontre François Bayrou lors d’un congrès dans les Pyrénées en 1991.
Candidat de l’union UDF/RPR aux élections législatives de 1993 et de 1997 dans la cinquième circonscription de la Seine Saint-Denis, il est battu au premier tour par le député sortant Jean-Claude Gayssot.
Tête de liste de l’union de l’opposition aux élections municipales de 1995 à Drancy, il met pour la première fois de l’histoire locale en ballotage le maire sortant Maurice Nilès, figure historique du Parti communiste français, grand résistant, ancien député et maire de la ville depuis trente-six ans. Celui-ci est cependant réélu dans une triangulaire avec le FN au second tour.
Il est élu président national des JDS en 1996 puis des Jeunes UDF en 1998 et le reste jusqu’en 2001. En 1998, il est élu conseiller régional d’Île-de-France.
Lors des élections municipales du 11 mars 2001, Jean-Christophe Lagarde remporte dès le premier tour les élections municipales de la ville de Drancy avec 50,84 % des voix, après 66 ans de gestion communiste dans une des villes de la ceinture rouge. Il est élu un an plus tard lors des élections législatives député de la circonscription Drancy-Bobigny le 16 juin 2002, pour la XIIe législature (2002-2007), dans la cinquième circonscription de la Seine-Saint-Denis, par 22 voix de majorité, ravissant ainsi une circonscription ancrée à gauche depuis plus de 70 ans. Il fait partie du groupe parlementaire Union pour la démocratie française.
Le 26 novembre 2004, il est le seul député à voter contre l’élargissement de l’Union européenne à 25, le jugeant prématuré et risquant de rendre l’Union moins gouvernable.
Pour le référendum sur le TCE de mai 2005, Jean Christophe Lagarde est l’un des rares députés UDF, (avec Jean Lassalle), qui prône un « non » au traité établissant une Constitution pour l’Europe en dénonçant la fin de la volonté fédéraliste européenne, jugeant ce texte trop timoré et faisant la part trop belle aux partisans d’une Europe seulement économique et interdisant la création d’une Europe politique[4]. Les Drancéens donnent une nette majorité (73 %) au « non ». À l’automne 2005, il a une analyse différente des émeutes des banlieues[5] et dénonce la ghettoïsation d’une partie des Français et ses conséquences. Son analyse, très différente de celle du Ministre de l’Intérieur de l’époque (Nicolas Sarkozy ), lui vaut les foudres de l’UMP, Éric Raoult disant de lui qu’il est un « Sarkozy de l’UDF dans le 9-3 », et Roger Karoutchi, patron de l’UMP d’Île-de-France déclarant « C’est un sectaire qui est en train de mal tourner ». Le 1er décembre 2006, il devient le plus jeune vice-président de l’Assemblée nationale.
Porte-parole de François Bayrou lors de la campagne présidentielle de 2007, il affirme ses divergences avec celui-ci lorsqu’il esquisse un rapprochement avec Ségolène Royal. Après le premier tour de l’élection présidentielle, il prend ses distances avec lui et se présente en candidat libre, après avoir refusé d’appeler à voter pour Nicolas Sarkozy. Lors des élections législatives de 2007, Jean-Christophe Lagarde se représente sans étiquette (ses documents de campagne feront mention des deux communes de sa circonscription Bobigny et Drancy en guise de tendance politique) pour un second mandat tout en étant investi sans l’avoir demandé par l’UDF/Mouvement démocrate. Il est réélu au second tour le 17 juin avec 59,87 % des voix.
Deux jours après son élection, il annonce son adhésion au groupe Nouveau Centre, groupe composé d’anciens parlementaires UDF qui avaient soutenu Nicolas Sarkozy entre les deux tours des présidentielles. Pourtant, le 14 février 2008, il signe, avec 16 autres personnalités politiques de tous bords, l’« Appel du 14 février » pour une vigilance républicaine lancé par l’hebdomadaire Marianne.
Jean-Christophe Lagarde a été numéro deux du Nouveau Centre en devenant président exécutif du nouveau parti centriste lors du congrès de Nîmes du 17 mai 2008. Il a quitté cette fonction en même temps que le parti en créant une nouvelle formation politique, la FED.
Suite au refus de la loi rétroactive à l’Assemblée nationale, et sur proposition de Jean-Christophe Lagarde, le Nouveau Centre fait alliance avec le Fetia Api (Financement : 870 000 d’euros pour le Nouveau Centre et 30 000 euros pour le Fetia Api). Le Fetia Api (« Nouvelle étoile ») est un parti politique de la Polynésie française, proche de l’UDF puis du Nouveau Centre qui le soutient (afin notamment de pouvoir bénéficier du financement public des partis politiques, plus aisé pour les partis qui se présentent outre-mer).
En 2008, lors des élections municipales, Jean-Christophe Lagarde remporte à nouveau dès le premier tour la ville de Drancy avec 69,5 % des voix et emporte 42 sièges des 49 qui composent le conseil municipal.
Membre du groupe d’études sur le problème du Tibet de l’Assemblée nationale. Il est élu vice-président de l’Assemblée nationale le 16 novembre 2010, en remplacement de Maurice Leroy, nommé ministre de la Ville dans le gouvernement Fillon III, jusqu’à la fin de la mandature en juin 2012.
Le 24 janvier 2012, alors qu’il s’était déjà montré hostile à la candidature du Président de son parti Hervé Morin, il annonce son soutien à Nicolas Sarkozy à l’élection présidentielle de la même année en cosignant une tribune dans Le Figaro avec d’autres parlementaires du Nouveau Centre et les ministres Maurice Leroy et François Sauvadet.
Candidat aux élections législatives de juin 2012 dans la cinquième circonscription de la Seine Saint-Denis (Bobigny, Drancy, Le Bourget), il est réélu le 17 juin 2012 pour un troisième mandat par 56,73 % des suffrages exprimés. Il est élu le 20 juin 2012 porte-parole du nouveau groupe centriste UDI présidé par Jean-Louis Borloo à l’Assemblée nationale.
Le 10 juillet 2012, Jean-Christophe Lagarde annonce la création d’un nouveau parti de centre-droit, baptisé Force européenne démocrate.
Jean-Christophe Lagarde est vice-président du groupe d’amitié France-Qatar à l’Assemblée nationale de 2007 à 2012.