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Les JMJ sont nées à l’instigation du pape Jean Paul II. Lors de l’année sainte proclamée en 1983-84 sur le thème de la Rédemption, environ 250 000 jeunes venus de nombreux pays participent à un « Jubilé international des jeunes » le jour de la fête des Rameaux[2]. L’année suivante, ayant été proclamée année internationale de la jeunesse par l’ONU, le pape renouvelle son invitation et réunit à nouveau environ 300 000 jeunes à Rome pour la fête des Rameaux.
Les journées mondiales de la jeunesse sont alors instituées pour pérenniser le succès de ces premières rencontres. L’idée des JMJ est à rapprocher des rencontres européennes de Taizé.

En 1987 c’est la première rencontre internationale hors d’Italie, à Buenos Aires en Argentine. À partir de l’édition suivante, en 1989 à Saint-Jacques de Compostelle, les rencontres incluent trois jours de catéchèse avant la célébration finale.
L’édition 1997 des JMJ a apporté une évolution significative, conservée depuis. La mise en place des journées diocésaines et le festival de la jeunesse. Les jeunes sont appelés à passer une semaine dans les différents diocèses du pays puis à un « festival de la jeunesse » de trois jours juste avant le rassemblement final dans la ville hôtesse des JMJ. L’Église catholique en France avait en effet souhaité que le dynamisme et les rencontres de ce rassemblement ne bénéficient pas seulement à Paris et l’Île-de-France mais que tous les diocèses français puissent également participer.
Après la disparition de Jean-Paul II, plusieurs commentateurs doutaient que son successeur maintienne ce type de rencontres dont le format paraissait taillé sur mesure pour le pape défunt.

Benoît XVI a pourtant participé aux JMJ de Cologne en 2005, puis établi de nouveaux rendez-vous en 2008, 2011, 2013. Il a introduit ses propres innovations : adoration eucharistique depuis 2005, et depuis 2011, la confession sacramentelle de quelques jeunes par le pape en personne.
Le vaticaniste Sandro Magister analyse ainsi les trois évolutions principales que connaissent les JMJ sous le pontificat de Benoît XVI :
l’apparition de temps de silence prolongés et intenses, au contraste accentué avec l’atmosphère générale très festive. Ces temps forts de silence donnent un relief particulier au chemin de croix, à la veillée d’adoration eucharistique commune avec le pape (autre innovation de Benoît XVI) ou à la communion durant la messe de clôture.
l’âge moyen très bas des participants (22 ans), dans lequel Magister voit un signe de renouvellement très encourageant pour le recrutement de futurs leaders des communautés catholiques dans le monde.
le fait que les participants, loin de s’impliquer dans des combats internes pour faire évoluer l’Église, acceptent que celle-ci se montre exigeante et se tournent résolument vers l’évangélisation du monde